同年同月，早有准备的青登亲率新选组东征西讨，只用了3个月的时间就平定一切叛乱，史称“重塑天下之战”。

旧公家被彻底肃清，再无反抗之力。

旧武家的残党流窜海外，默默地积蓄力量，幻想着有朝一日打回来。

1876年9月，青登颁布政策《天下偃武》，要求走和平发展的道路，绝不许滥用武力，更不许发起除自卫以外的一切战争。

同年同月，青登对新选组展开外科手术般的改革，将其缩减回十支番队，每队各一百人，总兵力一千，土方岁三依旧担任“副长”一职。

新生的新选组不再是正规军，而是专司于追剿旧武家残党的特殊部队。

1876年10月，青登听取紫阳的建议，组建了一支全员女性的特殊谍报机关——花菱团。

下设负责对外情报的“花组”、负责对内情报的“月组”、负责后勤的“风组”、以及负责行政工作的“雪组”。

橘笃子（天璋院）为首任团长，橘舞为首任副团长，紫阳为首任参谋。

花菱团的本部设于东京都的花菱大剧院，表面以花菱歌剧团为掩护。

花菱团的存在被严格保密，普罗大众并不知道这个人气爆棚，所有团员都是顶级美女的国民级歌剧团，其实是一个大号的谍报机关。

1877年3月，旧武家残党成立组织“天诛会”，以“夺回日本，重塑武家权威”为最高纲领，不择手段地对抗新选组，频繁地在日本国内发起骇人听闻的恐怖袭击。

1882年，得益于花菱团提供的情报，新选组彻底扫清日本国内的天诛会势力。

1885年，新选组捣毁天诛会的朝鲜分部。

1892年，新选组捣毁天诛会的欧洲分部。

1893年，本应是奄奄一息的天诛会突然振作起来，实力大增。

新选组与天诛会的对抗，从此陷入僵持状态。